秘书处下设综合管理部、社企认证部、会员服务部和发展研究部等四个部门

综合管理部：主要负责上传下达、内部统筹、对外联络、行政后勤、组织人事、宣传报道、财务会计等行政事务性工作。

社企认证部：主要负责社会企业认证标准修订及认证、分级等工作。

会员服务部：主要负责发展会员、联络会员、服务会员和培训交流工作。

发展研究部：主要负责社会企业国内外政策研究、社会创新与社会治理方面创新的研究和实施，促进会年度工作计划的制定与监督。